Een quarantaine is een gedwongen afzondering van personen die besmet zijn door een gevaarlijk virus ofwel bacterie of bij wie dat vermoed wordt, om daarmee een epidemie in te dammen. 

Het Nederlandse woord quarantaine (Middelnederlands quaranteine) komt uit het Frans, waar het ‘veertig dagen durende afzondering’ betekent. Het Franse quarantaine is ontleend aan het Venetiaanse quarantina of quarantene. Het slaat op de quaranta giorni (‘veertig dagen’), die de autoriteiten van Venetië omstreeks 1400 als duur van de afzondering van arriverende schepen vaststelden.

De veertigdaagse periode van de quarantina werd overgenomen van het kerkelijk gebruik om veertig dagen voorafgaande aan Pasen te vasten. De duur van deze periode gaat terug op het Evangelieverhaal waarin gezegd wordt dat Jezus veertig dagen en veertig nachten had gevast in de woestijn. Het getal veertig zou dan slaan op de veertig jaren die de Israëlieten na hun vlucht uit Egypte in de woestijn rondzwierven alvorens het Beloofde Land in te trekken. Ook herinnert het aan de veertig dagen en nachten dat Mozes op de berg Sinaï doorbracht voordat hij voor een tweede maal met stenen tafelen afdaalde (Ex. 34,28).

Zie: Veertigdagentijd