De basiliek van San Clemente is een basiliek in Rome, gelegen aan een plein met dezelfde naam, ter linkerzijde van de Via San Giovanni in Laterano. Het is een van de best bewaarde oude basilieken van Rome. De basiliek werd gebouwd op de resten van een oud Mithrasheiligdom. De basiliek is de titelkerk van de Nederlandse kardinaal Ad Simonis.

Relieken
De oorspronkelijke kerk, nu de benedenkerk, werd in de vierde eeuw gesticht en gewijd aan de heilige paus Clemens I (88-97), die op ongeveer deze plek had gewoond. Deze kerk zou in 1084 zijn verwoest door de Noorman Robert Guiscard. De basiliek werd in 1108 op last van paus Paschalis II herbouwd. De basiliek herbergde al sinds de negende eeuw de relieken van paus Clemens. Deze waren in het bezit gekomen van de heiligen Cyrillus en Methodius. Deze 'apostelen van de Slavische volken' hadden de relieken meegenomen van de Krim, waar paus Clemens I volgens een legende naartoe was verbannen en de marteldood gestorven zou zijn.

Interieur
Het apsismozaïek in de basiliek behoort tot de mooiste van Rome. Sommige delen ervan stammen uit de zevende eeuw. De vloer van de basiliek is voorzien van cosmatenwerk (stukjes gekleurd marmer, gelegd in geometrische patronen). De antieke zuilen die de basiliek in drie schepen verdelen zijn afkomstig van het Forum Romanum. Fresco's in de benedenkerk verbeelden scènes uit het leven van paus Clemens en de overbrenging van zijn relieken naar de basiliek. Nog een niveau lager bevindt zich de crypte van Cyrillus, een bedevaartsoort voor gelovigen uit de Slavische landen. Hier bevinden zich ook de resten van het oude woonhuis van Clemens. Volgens de overlevering zou Clemens hier zijn eerste brief aan de Korintiërs hebben geschreven.

Titelkerk
De basiliek geldt sinds 492 als titelkerk. In 1946 wees paus Pius XII deze kerk toe aan de Nederlandse kardinaal Jan de Jong. Dat was een attent gebaar, want De Jong kerkte als kind in de Sint-Clemenskerk op Ameland. In 1985 schonk paus Johannes Paulus II de kerk aan Ad Simonis, die het een eer vond titulis te zijn van de kerk die eens zijn voorganger op de zetel van Utrecht had bezeten.

Dominicanen
De bediening van de kerk is sinds 1677 toevertrouwd aan Ierse dominicanen. In de kerk bevindt zich ook het graf van de dominicaan Joseph Mulloody, die in 1857 de benedenkerk heeft ontdekt.